最佳解决办法是删除所有第三方镜像链接,恢复到默认设置。
命令如下:
conda config --remove-key channels
conda config --show # 查看conda的配置,确认channels
conda config --show-sources # 仅查看所有镜像
pip
关于pip,conda 4.5不再支持用pip安装conda:
As of conda 4.5, we do not supportpip install conda. However, we are considering that as a supported bootstrap method in the future.
https://conda.io/projects/conda
镜像管理
添加一个镜像:
conda config --add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/' # 添加镜像
conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示channel地址
conda config --show-sources # 查看conda的镜像- 删除某个镜像:
方法1:使用代码修改
# 注意链接要有引号,英文输入法
conda config --remove channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'
# 查看conda的镜像,确认已删除
conda config --show-sources
方法2:使用vim修改
vim ~/.condarc
# 按i进入输入模式
# 按Esc跳到命令模式
# 输入 :wq 保存文件并退出vi
四、conda常见操作
环境管理
# 创建环境
conda create -n bioinfo# 加载环境
source activate bioinfo# 在该环境安装package(注意,当前被激活的环境会显示有一个星号或者括号。)
conda install tophat# 返回默认环境
deactivate bioinfo # For Windows
source deactivate bioinfo # For Linux & Mac# 复制一个环境,如bioinfo
conda create -n bioinfo --clone bioinfo_clone# 删除一个已有环境,如bioinfo_clone
conda remove --name bioinfo_clone --all# 查看所有环境
conda env list
2.包管理
# 安装package,conda默认安装软件的最新版本
conda install -n bioinfo tophat
# -n可指定环境名称,不使用该参数则被安装在当前活跃环境,一定要确认清楚是哪个环境!!!
# -c可指定使用某个channel安装
# 查找package信息
conda search tophat
conda search tophat
# 安装某个版本的package,使用conda install package=version
conda install tophat=2.1.1
# 更新package
conda update -n bioinfo tophat
# 删除package
conda remove -n bioinfo tophat
# 或者
conda uninstall -n bioinfo panda
# 查看conda版本
conda -V # 注意V大写
# 更新conda
conda update conda
# 更新anaconda
conda update anaconda
# 查看当前环境的安装包
conda list
# 查看指定环境的安装包,比如bioinfo
conda list -n bioinfo
#安装anaconda后启动终端头部会有(base)如何解决
#原因是安装conda后,每次启动终端,都会自动启动conda的base环境
conda config --show
conda config --set auto_activate_base False
注意:不是所有的软件都可以用conda安装,如果conda报错,可以去该软件官网直接下载安装包安装。
